第三方保稅物流管理信息系統(tǒng)能夠滿足海關對保稅物品進、出、存、退、換和完稅的管理需求，滿足不同貨主對其保稅備件倉儲、保管、包裝、配送、退貨和回收的相異的物流管理要求；能夠適應多組織架構物流公司的管理和多倉庫統(tǒng)一管理的要求；能夠滿足多貨主的不同備件保稅或完稅物流管理的需求；能夠滿足貨主業(yè)務發(fā)展的需要，進行不同區(qū)域的快速配送服務；能夠快速調整和適應因貨主備件物流管理過程的變化要求；能夠對協(xié)作的承運商進行管理，包括費用的按期結算；能夠設定各種物流費用（包括各種關稅和海關代收），系統(tǒng)按業(yè)務量自動結算物流費用和各種稅收，也可手工調整和補錄費用；貨主隨時可以查詢訂單執(zhí)行情況、庫存和物流費用結算情況等；海關隨時掌控保稅區(qū)保稅備件的進、出、存、退、換和完稅情況；系統(tǒng)支持倉庫使用RF和條碼設備，對倉庫的庫位、備件實現(xiàn)條碼管理，在倉庫中使用RF進行在線作業(yè)，提率、降低出錯率、降低物流成本；有數(shù)據(jù)接口，將不同貨主的訂單自動導入物流系統(tǒng)；對備件的價格、批號、序列號等管理；對備件可實現(xiàn)全程跟蹤查詢；按貨主要求的報表格式產(chǎn)生貨主索要的各類報表；未來能順利拓展相關功能，實現(xiàn)報關管理、貨代管理和運輸管理等，并且是一體化的初始數(shù)據(jù)在各模塊享；提供各類分析報表，給管理提供數(shù)據(jù)的依據(jù)，不斷改進管理，提高服務質量，提高客戶滿意度。

保稅區(qū)儲區(qū)別于一般倉儲之處在于保稅區(qū)儲的力度要大得多。

保稅區(qū)儲是指使用海關核準的保稅區(qū)庫存放保稅貨物的倉儲行為。保稅貨物主要是暫時進境后還需要復運出境的貨物，或者海關批準暫緩納稅的進口貨物。保稅區(qū)儲受到海關的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關負責，入庫或者出庫單據(jù)均需要由海關簽署。保稅區(qū)儲一般在進出境口岸附近進行。
第三方物流自主管理的保稅區(qū)儲業(yè)務，是近幾年新推出的保稅物流業(yè)務，是依據(jù)的保稅貨物進出口報關和完稅的新型管理模式。在這種新型管理模式下，保稅區(qū)可以設在保稅區(qū)外，海關下放部分操作程序，由第三方物流企業(yè)自主管理，海關可以隨時查看保稅區(qū)的庫存情況，對保稅區(qū)實行。
保稅區(qū)每月向海關申報一次貨物進出口清單，并與海關系統(tǒng)核對保稅貨物的庫存，一次完稅，大大簡化了進出關的手續(xù)，加快了通關速度。此種管理模式特別適用于對時間和庫存要求比較高的維修備件的保稅庫存業(yè)務。

自主管理的保稅區(qū)儲物流企業(yè)，必須通過海關的嚴格審核才能營運。
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