貨物在倉庫中的全周期需要能夠?qū)崟r掌握，因此保稅區(qū)儲的管理信息系統(tǒng)要求也高很多。

保稅區(qū)儲受到海關(guān)的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關(guān)負責，入庫或者出庫單據(jù)均需要由海關(guān)簽署。保稅區(qū)儲一般在進出境口岸附近進行。

第三方保稅物流管理信息系統(tǒng)能夠滿足海關(guān)對保稅物品進、出、存、退、換和完稅的管理需求，滿足不同貨主對其保稅備件倉儲、保管、包裝、配送、退貨和回收的相異的物流管理要求；能夠適應多組織架構(gòu)物流公司的管理和多倉庫統(tǒng)一管理的要求；能夠滿足多貨主的不同備件保稅或完稅物流管理的需求；能夠滿足貨主業(yè)務發(fā)展的需要，進行不同區(qū)域的快速配送服務；能夠快速調(diào)整和適應因貨主備件物流管理過程的變化要求；能夠?qū)f(xié)作的承運商進行管理，包括費用的按期結(jié)算；能夠設(shè)定各種物流費用（包括各種關(guān)稅和海關(guān)代收），系統(tǒng)按業(yè)務量自動結(jié)算物流費用和各種稅收，也可手工調(diào)整和補錄費用；貨主隨時可以查詢訂單執(zhí)行情況、庫存和物流費用結(jié)算情況等；海關(guān)隨時掌控保稅區(qū)保稅備件的進、出、存、退、換和完稅情況；系統(tǒng)支持倉庫使用RF和條碼設(shè)備，對倉庫的庫位、備件實現(xiàn)條碼管理，在倉庫中使用RF進行在線作業(yè)，提率、降低出錯率、降低物流成本；有數(shù)據(jù)接口，將不同貨主的訂單自動導入物流系統(tǒng)；對備件的價格、批號、序列號等管理；對備件可實現(xiàn)全程跟蹤查詢；按貨主要求的報表格式產(chǎn)生貨主索要的各類報表；未來能順利拓展相關(guān)功能，實現(xiàn)報關(guān)管理、貨代管理和運輸管理等，并且是一體化的初始數(shù)據(jù)在各模塊享；提供各類分析報表，給管理提供數(shù)據(jù)的依據(jù)，不斷改進管理，提高服務質(zhì)量，提高客戶滿意度。

保稅區(qū)儲區(qū)別于一般倉儲之處在于保稅區(qū)儲的力度要大得多。
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