自主管理的保稅區(qū)儲物流企業(yè)，必須通過海關的嚴格審核才能營運。

保稅區(qū)儲是指使用海關核準的保稅區(qū)庫存放保稅貨物的倉儲行為。

第三方物流自主管理的保稅區(qū)儲業(yè)務，是近幾年新推出的保稅物流業(yè)務

保稅區(qū)儲是指使用海關核準的保稅區(qū)庫存放保稅貨物的倉儲行為。保稅貨物主要是暫時進境后還需要復運出境的貨物，或者海關批準暫緩納稅的進口貨物。保稅區(qū)儲受到海關的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關負責，入庫或者出庫單據均需要由海關簽署。保稅區(qū)儲一般在進出境口岸附近進行。
第三方物流自主管理的保稅區(qū)儲業(yè)務，是近幾年新推出的保稅物流業(yè)務，是依據的保稅貨物進出口報關和完稅的新型管理模式。在這種新型管理模式下，保稅區(qū)可以設在保稅區(qū)外，海關下放部分操作程序，由第三方物流企業(yè)自主管理，海關可以隨時查看保稅區(qū)的庫存情況，對保稅區(qū)實行。
保稅區(qū)每月向海關申報一次貨物進出口清單，并與海關系統(tǒng)核對保稅貨物的庫存，一次完稅，大大簡化了進出關的手續(xù)，加快了通關速度。此種管理模式特別適用于對時間和庫存要求比較高的維修備件的保稅庫存業(yè)務。
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