保稅區(qū)儲受到海關(guān)的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關(guān)負責，入庫或者出庫單據(jù)均需要由海關(guān)簽署。保稅區(qū)儲一般在進出境口岸附近進行。

貨物在倉庫中的全周期需要能夠?qū)崟r掌握，因此保稅區(qū)儲的管理信息系統(tǒng)要求也高很多。

2．保稅區(qū)儲貨物簡單加工
（1）保稅區(qū)庫申請對保稅區(qū)儲貨物進行改變包裝、分級分類、加刷嘜碼、分拆拼裝等簡 單加工，須事先填制《保稅區(qū)儲貨物簡單加工申請表》向主管海關(guān)提出。
（2）主管海關(guān)審核后，在《保稅區(qū)儲貨物簡單加工審核表》“海關(guān)審核意見”欄批注是否準予開展簡單加工業(yè)務(wù)的意見，并簽發(fā)給企業(yè)。
（3）保稅區(qū)庫須在對倉儲貨物簡單加工完成后3個工作日內(nèi)，在《保稅區(qū)儲貨物簡單加工審核表》加注加工情況，交回主管海關(guān)。
3．保稅區(qū)儲貨物存放期限
（1）保稅區(qū)儲貨物儲存期限為一年，儲存期限滿后，有正當理由的，可向主管海關(guān)申請延期，延期長不得超過一年。
（2）辦理延期手續(xù)應(yīng)遞交單證：
a．延期倉儲協(xié)議；
b．《保稅區(qū)儲貨物延期倉儲申請表》。
（3）經(jīng)海關(guān)審核準予延期的，海關(guān)簽發(fā)《保稅區(qū)儲貨物延期倉儲審核表》。
（4）對超過規(guī)定的存儲期限三個月仍不復(fù)運出境，也不辦理有關(guān)進境手續(xù)的，海關(guān)依法變賣處理。

保稅區(qū)儲區(qū)別于一般倉儲之處在于保稅區(qū)儲的力度要大得多。貨物在倉庫中的全周期需要能夠?qū)崟r掌握，因此保稅區(qū)儲的管理信息系統(tǒng)要求也高很多。庫存信息化通過庫存物品的入庫、出庫、移動和盤點等操作對企業(yè)的物流進行全面的控制和管理，能夠降低庫存，減少資金占用，杜絕物料積壓與短缺現(xiàn)象，提高服務(wù)水平，保證生產(chǎn)經(jīng)營活動的順利進行。
自主管理的保稅區(qū)儲物流企業(yè)，必須通過海關(guān)的嚴格審核才能營運。首先，自主管理的保稅區(qū)物流企業(yè)必須有很好的管理體系，還要有很好的誠信度，確保國家關(guān)稅的征收，決不，保稅貨物的物流過程必須符合中國海關(guān)管理規(guī)范，嚴格執(zhí)行海關(guān)進出口報關(guān)規(guī)則；其次，自主管理的保稅區(qū)物流企業(yè)必須能為貨主提供高質(zhì)量的、符合要求的物流服務(wù)，其中包括能嚴格按照貨主的要求進行備件的保管、存儲、包裝、配送、回收和退換，保證維修備件能正確、快捷、準時、保質(zhì)地送達貨主手中。
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