保稅區儲區別于一般倉儲之處在于保稅區儲的力度要大得多。貨物在倉庫中的全周期需要能夠實時掌握，因此保稅區儲的管理信息系統要求也高很多。庫存信息化通過庫存物品的入庫、出庫、移動和盤點等操作對企業的物流進行全面的控制和管理，能夠降低庫存，減少資金占用，杜絕物料積壓與短缺現象，提高服務水平，保證生產經營活動的順利進行。
自主管理的保稅區儲物流企業，必須通過海關的嚴格審核才能營運。首先，自主管理的保稅區物流企業必須有很好的管理體系，還要有很好的誠信度，確保國家關稅的征收，決不，保稅貨物的物流過程必須符合中國海關管理規范，嚴格執行海關進出口報關規則；其次，自主管理的保稅區物流企業必須能為貨主提供高質量的、符合要求的物流服務，其中包括能嚴格按照貨主的要求進行備件的保管、存儲、包裝、配送、回收和退換，保證維修備件能正確、快捷、準時、保質地送達貨主手中。

關下放部分操作程序，由第三方物流企業自主管理，海關可以隨時查看保稅區的庫存情況，對保稅區實行。

保稅區庫應當按照海關批準的存放貨物范圍和商品種類開展保稅區儲業務。
1．保稅區儲貨物進倉
（1）經海關批準，下列貨物可以存入保稅區庫：
a．加工貿易進口貨物；
b．轉口貨物；
c．供應國際航行船舶和的油料、物料和維修用零部件；
d．供維修外國產品所進口寄售的零配件；
e．外商暫存貨物；
f．未辦結海關手續的一般貿易貨物；
g．經海關批準的其他未辦結海關手續的貨物。
（2）有下列情況的貨物不得存入保稅區庫：
a．海關規定不得存入保稅區庫的貨物，如汽車、辦公用品、家用電器等；
b．按規定須提供許可而企業不能提供的貨物，如易化學品、軍民用化學品、廢舊物資等；
c．申報進倉貨物超經營范圍的；
d．申報進倉貨物超倉儲能力的；
e．申報進口備料倉庫的保稅貨物超企業年加工生產能力。

保稅區每月向海關申報一次貨物進出口清單，并與海關系統核對保稅貨物的庫存，一次完稅，大大簡化了進出關的手續
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