國外貨物進入保稅區，免0、免關稅和進口環；貨物如果銷往國內，需要按照一般貿易報關并繳納關稅和進口環，如果貨物需要0的，還得提供相應的0；
國內貨物進入保稅區，只有在該貨物實際離境后才可以辦理退稅手續。 國內貨物入保稅區，一般來說不需要繳納稅金，企業反而可以得到的退稅（某些法律規定的限制類產品出口需要繳納出口稅，不能取得退稅）,但是貨物必須全部實際離境后才可以退稅。
這種報關方式的程序是怎樣呢？
        貨物從進入保稅區
         1.貨物到達港口后，收貨人或其代理人到預錄入點辦理進境貨物備案清單，預錄入手續（倉儲貨物在倉庫預錄入），預錄入按“進出境備案清單填制規范”填寫。
         2.將預錄入數據向保稅區海關發送申報，待接到接受申報回執后，打印進境貨物備案清單。
         3.海關接單后，經過審核符合申報條件、手續齊全有效的，予以放行，并在有關單證上加蓋放行章或驗訖章，貨主或其代理人即可辦理入保稅區的手續。
            PS：（一）對于不需要查驗的貨物，持蓋有保稅區海關放行章的提貨單、報關單等單證直接在進口口岸提貨，委托具備《載運海關貨物車輛載貨登記薄》的海關車輛，將貨物運入保稅區。
                     （二）對需進保稅區查驗（包括倉儲）的貨物，海關制作關封，貨主或其代理人持憑關封將貨物從進口口岸提出，委托具備《載運海關貨物車輛載貨登記薄》的海關車輛，將貨物運入保稅區。查驗正常的，辦理入保稅區的手續。
報關是指進出口貨物裝船出運前，向海關申報的手續。按照我國海關法規定: 凡是進出國境的貨物，必須經由設有海關的港口、車站、國際航空站，并由貨物所有人向海關申報，經過海關放行后，貨物才可提取或者裝船出口。
報關涉及的對象可分為進出境的運輸工具和貨物、物品兩大類。由于性質不同，其報關程序各異。運輸工具如船舶、飛機等通常應由船長、機長簽署到達、離境報關單，交驗載貨清單、空運、海運單等單證向海關申報，作為海關對裝卸貨物和上下旅客實施的依據。而貨物和物品則應由其收發貨人或其代理人，按照貨物的貿易性質或物品的類別，填寫報關單，并隨附有關的法定單證及商業和運輸單證報關。如屬于保稅貨物，應按“保稅貨物”方式進行申報，海關對應辦事項及辦法與其他貿易方式的貨物有所區別。
提交單證
1．進出口貨物報關單。一般進口貨物應填寫一式二份；需要由海關核銷的貨物，如加工貿易貨物和保稅貨物等，應填寫報關單一式三份；貨物出口后需國內退稅的，應另填一份退稅報關單。
2．貨物。要求份數比報關單少一份，對貨物出口委托國外銷售，結算方式是待貨物銷售后按實銷金額向出口單位結匯的，出口報關時可準予免交。
3．陸運單、空運單和海運進口的提貨單及海運出口的裝貨單。海關在審單和驗貨后，在正本貨運單上簽章放行退還報關單，憑此提貨或裝運貨物。
4．貨物裝箱單。其份數同。但是散裝貨物或單一品種且包裝內容一致的件裝貨物可免交。
5．出口收匯核銷單。一切出口貨物報關時，應交驗外匯管理部門加蓋"監督收匯"章的出口收匯核銷單，并將核銷編號填在每張出口報關單的右上角處。
6．海關認為必要時，還應交驗貿易合同、貨物產地證書等。
7．其它有關單證。包括：
1．經海關批準準予減稅、免稅的貨物，應交海關簽章的減免稅，北京地區的外資企業需另交驗海關核發的進口設備清單；
2．已向海關備案的加工貿易合同進出口的貨物，應交驗海關核發的"登記手冊"。

通過保稅區,可以實現各種""轉廠""操作,達成貿易交貨;解決更多的""轉廠""難題,比如:
1.一般企業銷售產品給加貿企業要用“間接轉廠”,就是供應商把產品出口到保稅區,加貿企業再用加貿手冊從保稅區報關進口.這可以完全解決一般制造企業與加貿企業的轉廠問題。同時,加貿企業進口是保稅的,而供應商出口后可以向稅務局申請出口退稅。
2.同是加工貿易的兩家工廠,因為隸屬的主管海關不一樣、手冊備案的貨物信息有差異,通過保稅區操作,實現轉廠交貨的目的。雙方工廠分別拿手冊資料到保稅區海關報關出口或進口,而且載貨車輛入區不需卸貨,當天即可出區通關進口,實現報關操作(實際只需3個小時左右)。
3.加貿工廠供貨給一般工廠,即出口轉內銷,也是""轉廠""模式:加貿工廠將貨物以手冊保稅核銷的方式出口到保稅區(深圳出口加工區),一般工廠則以一般貿易的方式征稅進口國內。
比如，廣州番禺的一家企業如果要出口一個標準箱的貨物，以往必須出口到近的“地區”中國香港，然后才能被下游的買家進口到境內，再運送到工廠里用于生產。完成了這樣的一趟“旅游”后，該批貨物才能領到出口退稅。
而通過保稅區，就可以不用再取道中國香港，直接利用保稅區的“境內關外”功能，拿到出口退稅。這將能為加工貿易企業省下筆運輸費用——如果用拖車運往中國香港，費用很高。而且，中間省下的時間所產生的經濟效益更是無法計算。"
"保稅區報關，我們在保稅物流園區的工作是兩個企業之間的轉廠，就是貨物從一個企業到另一個企業要用一般的流程手續很繁瑣，但是如果把保稅區作為一個緩沖流通帶，通過進出保稅區的方法，就可以實現企業的轉廠，這個就是保稅區轉廠，如果進展順利在一個工作日完成，做到上午進入保稅區，下午報關駛出保稅區，這樣在業內就稱為保稅區報關了.

"保稅區報關VS中國香港報關
現在市場的對保稅區轉廠的說法有很多種，其實普遍的一種模式就是一般貿易轉廠供貨給加工貿易企業（進料加工貿易企業）。轉廠的歷史可以說由來已久了，從的時間算起也有了20多年的歷史了，首先從港資企業那邊說起，也就剛開始所謂的三來一補企業，那時候還沒有設立國內的保稅區，港資企業要想從國內進口原材料就必須要求國內的供應商把貨出口到中國香港，然后港資企業再把貨物進口回來，也就是所謂的中國香港報關。
到后來，這種模式被保稅區報關所取代，而這兩種模式其實都是轉廠的另外一種操作。其實真正的轉廠是兩個加工貿易企業之間的結轉，這種的話只要兩個加工貿易企業之間做一個關封就可以了。那么現在保稅區轉廠是怎么操作的呢？模式的話還是跟以前的差不多的，但是每個保稅的區的政策可能有一些出入。以深圳出口加工區保稅區為例，深圳出口加工區也就是俗稱的坪山保稅區，這邊的轉廠是可以用普通的車輛進行操作的。
深圳出口加工區報關優勢：無需海關車、不需倉儲、出稅單后再安排車輛進區、不需要卸貨換車、時效只需、是目前整個深圳優勢的報關操作平臺。
"深圳出口加工區坪山保稅區報關轉廠取代中國香港報關貿易
“保稅區報關”能完全替代“中國香港報關”。

"轉廠貨物入區環節：
1、中午12點前出口方將次日“下單委托書”連同裝箱清單和形式一同提交至保稅區內注冊公司（以下簡稱：保稅公司）；
2、保稅公司接到客戶指令后，與客戶核對貨物信息、單據、時間及注意事項等相關細節；
3、保稅公司下午制定派車計劃，并反饋車輛信息至客戶；
4、保稅東泰公司車輛準時到廠取貨或者由客戶派車到出口加工區保稅公司；
5、客戶轉關：當地海關封關，司機將封關資料帶回海關拆關；
6、客戶清關：提前將報關/報檢資料正本快遞或送至東泰；
7保稅公司制作電子單并發送海關審核；
8、鼎海現場向海關遞交報關報檢資料（報關委托書、報關單、核銷單、箱單、、合同）
9、車輛在海關通道拆關（若查車及時通知客戶），貨入雄通保稅區庫，倉管人員清點查收。
10、貨物卸載后，空車行駛出區。"
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