保稅區儲受到海關的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關負責，入庫或者出庫單據均需要由海關簽署。保稅區儲一般在進出境口岸附近進行。

貨物在倉庫中的全周期需要能夠實時掌握，因此保稅區儲的管理信息系統要求也高很多。

自主管理的保稅區儲物流企業，必須通過海關的嚴格審核才能營運。

2．保稅區儲貨物簡單加工
（1）保稅區庫申請對保稅區儲貨物進行改變包裝、分級分類、加刷嘜碼、分拆拼裝等簡 單加工，須事先填制《保稅區儲貨物簡單加工申請表》向主管海關提出。
（2）主管海關審核后，在《保稅區儲貨物簡單加工審核表》“海關審核意見”欄批注是否準予開展簡單加工業務的意見，并簽發給企業。
（3）保稅區庫須在對倉儲貨物簡單加工完成后3個工作日內，在《保稅區儲貨物簡單加工審核表》加注加工情況，交回主管海關。
3．保稅區儲貨物存放期限
（1）保稅區儲貨物儲存期限為一年，儲存期限滿后，有正當理由的，可向主管海關申請延期，延期長不得超過一年。
（2）辦理延期手續應遞交單證：
a．延期倉儲協議；
b．《保稅區儲貨物延期倉儲申請表》。
（3）經海關審核準予延期的，海關簽發《保稅區儲貨物延期倉儲審核表》。
（4）對超過規定的存儲期限三個月仍不復運出境，也不辦理有關進境手續的，海關依法變賣處理。
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