自主管理的保稅區儲物流企業，必須通過海關的嚴格審核才能營運。

保稅區庫應當按照海關批準的存放貨物范圍和商品種類開展保稅區儲業務。
1．保稅區儲貨物進倉
（1）經海關批準，下列貨物可以存入保稅區庫：
a．加工貿易進口貨物；
b．轉口貨物；
c．供應國際航行船舶和的油料、物料和維修用零部件；
d．供維修外國產品所進口寄售的零配件；
e．外商暫存貨物；
f．未辦結海關手續的一般貿易貨物；
g．經海關批準的其他未辦結海關手續的貨物。
（2）有下列情況的貨物不得存入保稅區庫：
a．海關規定不得存入保稅區庫的貨物，如汽車、辦公用品、家用電器等；
b．按規定須提供許可而企業不能提供的貨物，如易化學品、軍民用化學品、廢舊物資等；
c．申報進倉貨物超經營范圍的；
d．申報進倉貨物超倉儲能力的；
e．申報進口備料倉庫的保稅貨物超企業年加工生產能力。

保稅區儲是指使用海關核準的保稅區庫存放保稅貨物的倉儲行為。保稅貨物主要是暫時進境后還需要復運出境的貨物，或者海關批準暫緩納稅的進口貨物。保稅區儲受到海關的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關負責，入庫或者出庫單據均需要由海關簽署。保稅區儲一般在進出境口岸附近進行。
第三方物流自主管理的保稅區儲業務，是近幾年新推出的保稅物流業務，是依據的保稅貨物進出口報關和完稅的新型管理模式。在這種新型管理模式下，保稅區可以設在保稅區外，海關下放部分操作程序，由第三方物流企業自主管理，海關可以隨時查看保稅區的庫存情況，對保稅區實行。
保稅區每月向海關申報一次貨物進出口清單，并與海關系統核對保稅貨物的庫存，一次完稅，大大簡化了進出關的手續，加快了通關速度。此種管理模式特別適用于對時間和庫存要求比較高的維修備件的保稅庫存業務。

第三方保稅物流管理信息系統能夠滿足海關對保稅物品進、出、存、退、換和完稅的管理需求，滿足不同貨主對其保稅備件倉儲、保管、包裝、配送、退貨和回收的相異的物流管理要求；能夠適應多組織架構物流公司的管理和多倉庫統一管理的要求；能夠滿足多貨主的不同備件保稅或完稅物流管理的需求；能夠滿足貨主業務發展的需要，進行不同區域的快速配送服務；能夠快速調整和適應因貨主備件物流管理過程的變化要求；能夠對協作的承運商進行管理，包括費用的按期結算；能夠設定各種物流費用（包括各種關稅和海關代收），系統按業務量自動結算物流費用和各種稅收，也可手工調整和補錄費用；貨主隨時可以查詢訂單執行情況、庫存和物流費用結算情況等；海關隨時掌控保稅區保稅備件的進、出、存、退、換和完稅情況；系統支持倉庫使用RF和條碼設備，對倉庫的庫位、備件實現條碼管理，在倉庫中使用RF進行在線作業，提率、降低出錯率、降低物流成本；有數據接口，將不同貨主的訂單自動導入物流系統；對備件的價格、批號、序列號等管理；對備件可實現全程跟蹤查詢；按貨主要求的報表格式產生貨主索要的各類報表；未來能順利拓展相關功能，實現報關管理、貨代管理和運輸管理等，并且是一體化的初始數據在各模塊享；提供各類分析報表，給管理提供數據的依據，不斷改進管理，提高服務質量，提高客戶滿意度。
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